Kirurgisk Afdeling står for undersøgelse og behandling af patienter med mavetarmsygdomme. Der udføres årligt mere end 6000 operationer og 12500 endoskopiske procedure. Omkring 80% af indlæggelserne og behandlingerne er relateret til akutte kirurgiske sygdomme. De resterende er relateret til planlagte operationer og behandlinger, som afdelingen tilbyder patienter fra hele Region Sjælland. Udvikling og uddannelse af personale samt forskning prioriteres højt i afdelingen.